Jan Van Elsacker gewann 1. Preise in den Fächern Gesang und Klavier am Königlich Flämischen Konservatorium in Antwerpen. Bereits in jungen Jahren arbeitete er mit Philippe Herreweghe, Gustav Leonhardt, Sigiswald Kuijken und Jos van Immerseel. Heute tritt Jan Van Elsacker regelmäßig mit Le Poème Harmonique (Vincent Dumestre), L’Arpeggiata (Christina Pluhar), Concerto Palatino (Bruce Dickey), Weser-Renaissance Bremen (Manfred Cordes) und La Fenice (Jean Tubery) auf.
1996 war er Preisträger beim internationalen Wettbewerb Musica Antiqua in Brugge.
2003 nahm er beim Festival Musica Antiqua in Brugge eine zentrale Rolle ein, als er neben dem Combattimento di Tancredi e Clorinda (Monteverdi) ein Schumann-Recital mit der Pianistin Claire Chevallier gab.
Im Januar 2008 gab er sein Debüt als Orfeo (Monteverdi) am Nationalen Opernhaus in Polen mit dem Ensemble La Fenice (Leitung: Jean Tubery). Jan Van Elsacker ist ein „… außergewöhnlicher Evangelist, der dem Text atemberaubende Präsenz verleiht“ – so ist er jedes Jahr ein gesuchter Interpret der Passionen von J.S. Bach. Sein musikalisches Feingefühl passt auch perfekt zur italienischen Monodie zu Beginn des 17. Jahrhunderts.
Seit 2010 ist Jan Van Elsacker Professor an der Staatlichen Hochschule für Musik in Trossingen/Deutschland.